در ادامه نهضت عدالتخانه، پس از آن که خواسته‌های علما و مردم در مورد تاسیس عدالت خانه عملی نشد، علما تصمیم گرفتند به قم هجرت کنند و در حرم حضرت معصومه(س) تحصن کنند.
در تیر 1285 ش سید محمدطباطبایی و سید عبداللَّه بهبهانی به قم رفتند.
سپس شیخ فضل‌اللَّه نوری، در رأس یک گروه هزار نفری به سوی قم حرکت کرد.
این هجرت در روزهای بعد نیز با پیوستن جمع بیشتری از مردم تهران به قم ادامه یافت و موج آن سراسر کشور را فرا گرفت.
آقانجفی اصفهانی از اصفهان، آخوند ملاقربانعلی زنجانی از زنجان و دیگر علما و مجتهدان بلاد با تلگراف‌های متعدد، ضمن تائید این هجرت، مظفرالدینشاه را تحت فشار گذاشتند.
همزمان، منورالفکران وابسته به غرب کوشیدند، مسیر نهضت را تغییر دهند.
آنها، در مقابل هجرت علما به قم، تحصنی در سفارت انگلیس تشکیل دادند و با ارعاب و تهدید عمومی، مردم تهران را به اجتماع در این سفارتخانه فراخواندند.
در اثر این تمهیدات، بیش از 14 هزارنفر در سفارت انگلیس، گردآمدند.
در این گردهمائی بود که یکی از دیپلمات‌های زن انگلیسی برای نخستین بار خطاب به مردم گفت: "به نظر می‌رسد شما مشروطه می‌خواهید.
" و سپس از مزایای مقید شدن شاه توسط یک مجلس سخن گفت.
شاید انتخاب قم، برای تحصن علما که موجب گردید نیروهای متدین و مجتهدان، پایتخت را در اختیار عوامل مرموز وابسته به انگلیس قرار دهند از خطاهای مهاجرت کبرا بود.
از این پس، در این گردهمائی و سپس در نشریات منورالفکری، واژه مشروطه، به جای "نهضت عدالتخانه" رواج یافت و تلاش برای سکولار کردن نهضت، عملیاتی شد.
این انحراف بعدها تا آنجا کشیده شد که شیخ فضل‌اللَّه را که خود، از رهبران مشروطه به شمار می‌رفت، به دلیل مخالفت با مشروطه، به جوخه دار سپردند.
در پی هجرت علما به قم و تحصن منورالفکران در سفارت انگلیس، مظفرالدین شاه در 14 مرداد 1285ش، طی فرمانی، دستور برگزاری انتخابات و تشکیل مجلس شورای اسلامی را صادر کرد.
عوامل استعمار از این فرمان، برآشفتند و با اعمال فشار، عنوان مجلس شورای اسلامی را به مجلس شورای ملی تغییر دادند.
با صدور فرمان مشروطیت، علما و مردم متحصن در قم، با احترام به تهران بازگشتند.